Viện có 13 khoa, phòng và đơn vị trực thuộc (6 khoa chuyên môn, 5 phòng chức năng và 2 đơn vị trực thuộc); Đảng bộ Viện có 5 chi bộ trực thuộc và 53 đảng viên; Công đoàn Viện có 138 đoàn viên và 14 tổ công đoàn trực thuộc; Đoàn TNCS Hồ Chí Minh có 5 chi đoàn trực thuộc (1 chi đoàn cán bộ và 4 chi đoàn học sinh trung cấp kỹ thuật viên xét nghiệm) và 216 đoàn viên; Hội đồng Y đức, Hội đồng Khoa học công nghệ.
+ Cơ cấu tổ chức:
- Viện có 13 khoa, phòng và đơn vị trực thuộc (6 khoa chuyên môn, 5 phòng chức năng và 2 đơn vị trực thuộc);
- Đảng bộ Viện có 5 chi bộ trực thuộc và 53 đảng viên; Công đoàn Viện có 138 đoàn viên và 14 tổ công đoàn trực thuộc;
- Đoàn TNCS Hồ Chí Minh có 5 chi đoàn trực thuộc (1 chi đoàn cán bộ và 4 chi đoàn học sinh trung cấp kỹ thuật viên xét nghiệm) và 216 đoàn viên;
- Hội đồng Y đức, Hội đồng Khoa học công nghệ.
| 6 KHOA CHUYÊN MÔN 1. Khoa Dịch tễ sốt rét + Tổ Chỉ đạo. + Tổ Giám sát. + Tổ Thống kê phân tích + Tổ Kiểm tra kỹ thuật 2. Khoa Nghiên cứu bệnh sốt rét + Tổ Lâm sàng điều trị + Tổ Nghiên cứu kháng thuốc + Tổ Nuôi cấy ‐ Miễn dịch + Tổ Vi sinh ‐ Huyết thanh học 3. Khoa Côn trùng + Tổ Anopheles. + Tổ Nuôi + Tổ Diệt côn trùng + Tổ Côn trùng y học + Đội Nghiên cứu sốt rét Vân Canh 4. Khoa Ký sinh trùng + Tổ Giun + Tổ Sán + Tổ Nấm ‐ Đơn bào. 5. Khoa Sinh học phân tử + Tổ Sinh học phân tử + Tổ Kiểm định hóa chất‐VSATTP 6. Trung tâm Đào tạo + Tổ Đào tạo‐Quản lý học sinh + Tổ Tuyên truyền‐Giáo dục sức khỏe | 5 PHÒNG CHỨC NĂNG 1. Phòng Quản lý khoa học công nghệ + Tổ Quản lý khoa học. + Tổ Công nghệ thông tin 2. Phòng Kế hoạch tổng hợp + Tổ Kế hoạch vật tư + Tổ Tổng hợp 3. Phòng Tài chính kế toán + Tổ Kế toán. + Tổ Tài chính 4. Phòng Tổ chức cán bộ + Tổ Tổ chức cán bộ 5. Phòng HCQT‐Vật tư‐TBYT + Tổ Hành chính + Tổ Quản trị. + Tổ Thiết bị. + Tổ Bảo vệ. 1. Phòng khám chuyên khoa + Tổ Khám bệnh + Tổ Xét nghiệm 2. Trung tâm dịch vụ KHKT |

+ Tổng số cán bộ viên chức: 157 người (109 biên chế và 48 hợp đồng); trong đó có 23 cán bộ sau đại học (1 Phó giáo sư, 5 Tiến sĩ, 17 Thạc sĩ, 1 Bác sỹ CKI), 72 cán bộ đại học và cao đẳng, 49 cán bộ trung học và 13 cán bộ khác.

TẬP THỂ CÁN BỘ VIỆN SỐT RÉT ‐ KST ‐ CT QUY NHƠN
+ Cơ sở làm việc tại tỉnh Bình Định: Trụ sở chính tại 611B‐Nguyễn Thái Học‐TP. Quy Nhơn; Đội nghiên cứu sốt rét thực địa tại huyện Vân Canh; Khu kho thuốc‐hóa chất tại huyện An Nhơn; đang thực hiện Dự án đầu tư xây dựng cơ sở Viện tại địa điểm mới thuộc phường Nhơn Phú‐TP. Quy Nhơn làm tiền đề phát triển Viện thành một trong những Viện nghiên cứu đầu ngành về sốt rét, ký sinh trùng và côn trùng.






